細菌和病毒，過敏或接觸刺激物都可以導致結膜炎（紅眼病）。可以買到不同類型的結膜炎眼藥水，但在開始治療前弄清楚原因很重要。

有些眼藥水對緩解變應原導致的紅眼病癥狀有療效。解充血滴眼液能收縮眼睛血管并減輕發紅。但不幸的是，這種眼藥水的使用時間超過幾天就會導致病情惡化。

抗組織胺藥滴眼液能緩解過敏導致的結膜炎癥狀。這種眼藥水能減輕瘙癢和發紅，但需要經常使用，因為效果持續時間不長。戴隱形眼鏡的人應避免抗組織胺藥滴眼液或在治療紅眼病期間戴普通眼鏡，因為藥水會刺激接觸鏡片的眼睛。眼藥水在施用時會引起刺痛和發紅。

皮質甾類眼藥水也可以治療過敏性紅眼病。但由于存在危險，患者只能在征得醫生同意后使用。皮質甾類眼藥水會導致眼睛積聚壓力，因此會影響視力。此外，長期使用這種滴眼液還有造成白內障或青光眼的可能。

抗生素結膜炎眼藥水能治療由細菌導致的紅眼病。常見的抗生素滴眼液是環丙沙星（Ciprofloxacin）和甲氧芐氨嘧啶多粘菌素。它們都能有效治療各種細菌。患者一般需要使用1周或10天，每天滴眼數次。

即使癥狀消失，也應繼續使用抗生素滴眼液確保感染不會復發。在某些情況下，醫生還會推薦抗生素眼藥水治療病毒性結膜炎，因為很難區分疾病是由病毒還是細菌造成的。

如果結膜炎是有皰疹病毒導致，醫生會推薦使用曲氟尿苷（Trifluridine）眼藥水。這種眼藥水需要每間隔兩小時滴一次。這種滴眼液會導致視力迷糊，因此在駕車時應謹慎使用。